Tras la ocupación de Austria en 1938, el Austria de Viena fue suprimido por las autoridades nazis, principalmente porque había muchos jugadores y funcionarios de origen judío. El nombre fue prohibido y jugaron bajo el nombre de Sportclub Ostmark. Protegido por su popularidad Nausch mostraba a menudo su disconformidad con los nazis. Como Nausch queria entrenar al equipo las autoridades le ordenaron que dejara a su mujer que era de origen judio. No lo hizo y huyó a Suiza. Se convirtió en entrenador y jugador del Zürcher Young Fellows.
1948 Nausch regresó a Austria y se convirtió en entrenador de la selección austriaca de fútbol. Permaneció en el equipo desde 1948 hasta 1954. Formó un equipo con estrellas como Zeman, Happel, Hanappi, Ocwirk, Probst y Stojaspal. Este equipo tuvo casi tanto éxito como el antiguo «Wunderteam». En esta época Austria alcanzó el tercer puesto en la Copa Mundial de la FIFA 1954, el mejor puesto alcanzado nunca por un equipo austriaco. Después de ser entrenador del equipo se fue a su antiguo equipo FK Austria Wien al que entrenó desde 1954 hasta 1955.
Murió en 1957 de un ataque al corazón.